במחקר מודרני בתורת המשפט ובפילוסופיה של הלכה גם יחד, החוק קיים במערכת יחסים לא נוחה עם המוסר, המשרת לסירוגין כבסיס לתוקף החוק, אתגר לסמכות חוקית, והשראה לשינוי החוק דרך השפעה על תהליך הפסיקה המשפטית. ענין ההשפעה של מוסר על פסיקה משפטית מסובך במיוחד בהקשר של הלכה, שבו הגבול בין החוק והמוסר מטושטש עוד יותר מחמת האופי הדתי של ההלכה ועל ידי האכיפה המוגבלת שלה. יתר על כן, בשיח ההלכתי העכשווי, הנושא הפך גם למוקד של סכסוך דתי. תיאולוגים יהודים ליברליים יותר, מאורתודוקסיה מודרנית לרפורמה, השתמשו בטיעונים מוסריים לאתגר את תוקפן של נורמות הלכתיות מסוימות, ואילו תיאולוגים יותר שמרניים טוענים שצריכים להסתכל על מושגים מוסריים כחלק אינטגרלי של מערכת ההלכה, כך שאינם מסוגלים להפעיל לחץ עצמאי עליה.
אנו יכולים לנתח את המוסר וההלכה כמערכות משמעות מקבילות אך נפרדות. במודל זה, אנו נמנעים מלהתייחס לשאלה מהו מקור המוסר היהודית או של היגדים מוסריים ספציפיים שמופיעים בספרות ההלכה. אלא מודל זה מתמקד על התיפקוד המעשי של המוסר בתוך השיח ההלכתי, ומשקף את העובדה שלעתים קרובות אנו מעניקים ערכים משפטיים ומוסריים מנוגדים לאותה פעולה, כאשר אנו מחשיבים מעשה מסוים כחוקי אבל בלתי-מוסרי, או כבלתי-חוקי אבל ראוי לשבח מבחינה מוסרית. למעשה, זוהי החשיבות של שני מערכות משמעות נפרדות: מעשה או מושג מסויים יכול לקבל ערך חיובי במערכת אחת וערך שלילי בשנייה, שכן אין דבר יכול לקבל שני ערכים מנוגדים בתוך אותה המַעֲרֶכֶת; מעשה לא יכול להיות בו זמנית חוקי ובלתי-חוקי, או מוסרי ובלתי-מוסרי.
אחת הפערים הכי בולטים במחקר על הלכה והמוסר הוא תיחום מדוייק של סוג השיקולים בשיח ההלכה שנחשבים “מוסריים” בניגוד לשיקולים משפטיים מובהקים, וגם בניגוד לסוגים אחרים של שיקולים בלתי-פורמליים (חוקרים מאד נמשכים למילה “ערכים”) שמשפיעים על פסיקה הלכתית. עצם ההבחנה בין חוק למוסר היא בכלל לא פשוטה, כיון ששניהם מערכות נורמטיביות שקובעות את ההתנהגות המקובלת בחברה. חוקרים הציעו כמה הבחנות בין חוק למוסר, אבל רובם לקויים במדה זו או אחרת. לכן נישען על אחת מההגדרות הכי משפיעות של המוסר בשנים האחרונות. ברנרד גרט מגדיר את המוסר כ”מערכת ציבורית פורמאלית שחלה על כל אנשים רציונאליים, השולט בהתנהגות המשפיעה על אחרים, ושיש הפחתה של רוע או נזק כמטרתה.” למטרות שלנו, החדשנות העיקרית של ההגדרה של גרט הוא האופ הבלתי-פורמלי של מוסר, אשר עומד בניגוד לאיכות המאוד פורמאלית של החוק. בניגוד לחוק, למוסר
אין שופטים סמכותיים ואין תהליך החלטה שתספק תשובות ייחודיות לכל שאלה מוסרית. כשזה חשוב שיתיישבו חילוקי דעות, חברות משתמשות במערכות פוליטיות או משפטיות כדי להשלים את המוסר. מערכות אלה אינם מספקות תשובה לשאלה מוסרית; אלא, השאלה המוסרית, שנחשבה לבלתי פתיר, מועברת למערכת הפוליטית או משפטית.
היבט זה של הניתוח של גרט משתלב עם הניתוח של הר’ אהרן ליכטנשטיין זצ”ל לגבי ההבדל בין “דין” ו”לפנים משורת דין:”
דין מורכב מגוף של חוקים, המושרש בסופו של דבר בערכי יסוד, אך ברגע ההחלטה מתייצג כמערכת של כללים… לעומת זאת, לפנים משורת הדין הוא התחום של מוסר קונטקסטואליסטי.
הפורמליסטית מונחה על ידי עיקרון או כלל המסדיר קטגוריה של מקרים שהוגדרה על פי מספר מוגבל של מאפיינים …לעומת זאת, הקונטקטואליסט אין לו עסק עם הגדרות ביניים… נומינאליסט באתיקה, הוא לא רק טוען שכל מקרה שונה מבחינה פנומנולוגית. זה מובן מאליו. הקונסטקואליסט טוען שההבדלים הם בדרך כלל כל כך חיוניים שאי אפשר לנסח הנחיות משמעותיות. רק פסיקה אד-הוק… יכול לשמש כבסיס להחלטה אופרטיבית.
מה שעולה מניתוחו של הר’ ליכטנשטיין הוא שלמערכות של מוסר חסרה אחת מהתכונות הבסיסיות ביותר של מערכת משפטית: רשת צפופה של דינים קזואיסטיים, מבנה שנוצר על ידי תבניות של דמיון והבדל בין מקרים דומים. ביסודו, הבדל זה בין מערכות משפטיות ומוסריות נובע מהבחנתו של גרט בין מערכות פורמאליות ובלתי פורמאליות: העובדה שמערכות מוסריות חסרות כל תהליך פורמאלית של שפיטה אומרת שאין הקשר שבו החלטות מוסריות צריכות להתיישב באופן עקבי אחד עם השני. החלטה מוסרית יכולה להתבסס על אינספור אילוצים שספציפים לאותו אירוע מכיון שאין צורך להתחשב בהשלכות של אותה החלטה למקרים אחרים שבהם יתקיימו אותם האילוצים. כמו כן, אפשר לייחס החלטות מוסריות רבות ושונות לאותו עיקרון מוסרי רחב כיון שאין צורך לשקול איך ההחלטות הללו יתיישבו זה עם זה.
מה שהיגיון מוסרי אינו מאפשר לנו לעשות הוא לבטא הבחנות ביניים מהסוג שליכטנשטיין מזכיר כתחום הפעולה של הנמקה משפטית – הבחנות שנחוצות כדי שהמערכת תשמש כמדריך מעשי להתנהגות נורמטיבית. מאותה סבה, אנו כמעט אף פעם לא מוצאים מקורות הלכתיים שמציינים איפה עקרון מוסרי אינו חל – דבר שמתאים לניסוח המאד רחב שלהם. עקרונות כגון “תיקון העולם”, “כבוד הבריות” או “שלא יהא חוטא נשכר” נשמעים כבלתי-מוגבלים, אלא שבפועל זה בלתי-אפשרי ליישם אותם באופן שאפילו מתקרב לטווח הסמנטי המלא שלהם.