אחד החידושים המרכזיים במדע המודרני הוא הניסוי, כאשר רוצים לעמת בין תאוריות לא שואלים איזו יותר הגיונית אלא מתכננים ניסוי שיכול להכריע ביניהן. זאת בניגוד למדע האריסטוטלי שהסתכל על עולם התופעות ונתן לו את ההסבר שנראה לו הכי הגיוני. יש כאן ויתור מסוים על השימוש בהגיון.
ההבדל הוא לא רק בצורת ההכרעה אלא בעצם ההסברים הניתנים. מדע שמכפיף את עצמו לניסוי ממילא נותן הסברים פחות עמוקים. לדוגמא, אריסטו הסיק מעולם התופעות שאין ריק, הוא לא עצר שם ורצה להסביר מדוע אין ריק ואמר שהטבע שונא את הריק, תיאוריה כזו לא יכולה להיות מופרכת בניסוי מדעי ולכן אין לה מקום במדע המודרני, המדע המודרני יעצור בשאלה האם יש ריק ואיך הוא מתנהג.
חוסר הרציונליות המשמש בשיטה המדעית הדוגלת בשימוש בניסוי מועצם בתיאוריות פיזיקליות מודרניות כמו מכניקת הקוואנטים, שם הניסויים מוסברים על ידי רעיונות שנוגדים לכאורה את השכל הישר, לדוגמא, יש תופעות שמוסברות היטב אם מניחים שחלקיקים חוזרים בזמן.
